Lễ bốc thăm được diễn ra ngày 14 tháng 4 năm 2016, lúc 10:30 BRT (UTC−3), tại sân vận động Maracanã, Rio de Janeiro.[15] 16 đội tuyển nam được bốc thăm vào bốn bảng mỗi bảng bốn đội.[16] Các đội sẽ được chia làm bốn nhóm hạt giống dựa vào thành tích của năm kỳ Thế vận hội trước đó (với các kỳ càng gần điểm càng cao), cộng với điểm thưởng cho sáu nhà vô địch vòng loại châu lục (Nhật Bản, Nigeria, Mexico, Argentina, Fiji, Thụy Điển).[17] Chủ nhà Brasil được mặc định vị trí A1. Không bảng đấu nào gồm nhiều hơn một đội của cùng một liên đoàn châu lục.[18]